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北杜市考古博物馆坐落在于谷户城遗址附近,周边遍布当地历史遗迹。人们认为,谷户城是于12世纪建成的,但是,博物馆内的藏品可以追溯至更早期的历史。这些藏品涵盖了于现今北杜市发现的日本旧石器时代(约公元前4万年前开始)直至战国时期(1467年-1568年)的物品,其中也包括绳文时期的藏品(日本史前历史的一部分,大约在公元前14000年到公元前300年之间)。
一般认为日本最早的陶器可追溯至绳文时期,博物馆收藏了大量该时期的文物,包括陶瓷雕像、人偶和罐子。展出的大多数物品皆来自1980年附近金生遗迹的两处重要考古发现,以及较晚发现的梅之木遗迹,这两处遗址都是绳文人的集落和墓地所在。
这两处遗址的陶器都十分精致,细节刻画入微,常装饰有人脸或动物,与日本其他地区同期陶器形成鲜明对比。博物馆的特色藏品是一只保存完好的瓮,该瓮来自另一处遗址,瓮上刻有描绘分娩的图画。在绳文时期,日本居民开始准备并储存基本的食物,因此,展品还包括一系列烹饪器具。对黏土厨具的分析表明,当地饮食鲜少有肉类和海产,主要由植物构成。
馆内还展出一些日常用品,如梳子和石器,以及包括耳环和发夹在内的首饰。此外,一个模型展示了金生遗迹复原后过去在绳文时期可能的样貌。